新型科研机构（17）
东南大学智慧城市研究院
东南大学丘成桐中心
东南大学量子信息研究中心
东南大学未来地下空间研究院
东南大学-威斯康星大学智能网联交通联合研究院
东南大学空间科学与技术研究院
东南大学学习科学研究中心
东南大学-艾伦研究所脑数据联合研究中心
东南大学-南京医科大学医工交叉创新研究院
东南大学人工智能研究院
东南大学海洋信息与工程研究院
东南大学城市空间研究院
东南大学电磁空间科学与技术研究院
东南大学长三角碳中和战略发展研究院
东南大学流程工业智能化研究中心
东南大学桥梁研究中心
东南大学智能材料研究院
校内机构
建筑学院（19个）
东南大学建筑历史与理论研究所
东南大学—联合国教科文组织地理信息系统中心
东南大学建筑与环境研究中心
东南大学建筑技术研究所
东南大学环境设计与公共艺术研究所
东南大学城市空间研究所
东南大学城市规划设计研究所
东南大学建筑设计与理论研究中心
东南大学区域与城市发展研究所
东南大学景观规划设计研究所
东南大学低碳建筑研究所
东南大学绿色建筑研究所
东南大学城市设计研究院
东南大学城市中心区研究所
东南大学工业化住宅与建筑工业研究所
东南大学BIM-CIM技术研究中心
东南大学建筑遗产与环境研究中心
东南大学中德城乡与建筑研究中心
东南大学前沿城乡研究中心
机械工程学院（7）
东南大学设备监控与故障诊断研究所
东南大学CAD/CAM研究所
东南大学智能机器与传动研究所
东南大学电磁兼容性研究室
东南大学噪声与振动控制研究所
东南大学机电一体化与服务机器人研究中心
东南大学电磁环境效应研究中心
能源与环境学院（8）
东南大学制冷、空调、热泵研究所
东南大学干燥技术研究所
东南大学工程热物理研究所
东南大学电子信息与控制研究所
东南大学环境工程研究所
东南大学太阳能技术研究中心
东南大学热电技术研究所
东南大学储能联合研究中心
信息科学与工程学院（6）
东南大学射频与光电集成电路研究所
东南大学多媒体技术研究所
东南大学计算电磁学研究中心
东南大学信息处理与应用工程研究中心
东南大学移动互联技术研究中心
东南大学柔性射频技术研究中心
土木工程学院（14）
东南大学建筑工程抗震与减震研究中心
东南大学建设与房地产研究所
东南大学预应力工程研究所
东南大学空间结构与形态研究所
东南大学物业管理研究所
东南大学力学研究所
东南大学工程项目管理研究所
东南大学结构健康监测研究所
东南大学市政工程研究所
东南大学土木工程施工研究所
东南大学高速轨道工程技术研发中心
东南大学工程结构体系与新技术研究中心
东南大学航空航天材料与结构力学研究所
东南大学智能结构与空间基地建设研究中心
电子科学与工程学院（2）
东南大学电子系统可靠性研究中心
东南大学先进光子学研究中心
数学学院（5）
东南大学应用数学研究所
东南大学统计与数据科学研究所
东南大学数学研究所
东南大学交通感知与认知研究中心的通知
东南大学智能自主系统安全运维与控制实验室
自动化学院（3）
东南大学农业信息化与物联网技术中心
东南大学极地科考支撑技术研究所
东南大学学习机器研究中心
计算机科学与工程学院（7）
东南大学中法生物医学信息联合研究中心
东南大学万维网科学研究所
东南大学未来网络研究中心
东南大学软件工程研究所
东南大学认知智能研究所
东南大学高分数据研究中心
东南大学智慧物联网研究中心
生物科学与医学工程学院（5）
东南大学生物电子学国家重点实验室深圳研究中心
东南大学生物材料生物相容性研究所
东南大学分子医学技术研究所
东南大学国际儿童医学影像研究实验室
东南大学微生理系统芯片研究中心
材料科学与工程学院（7）
东南大学绿色建材与固碳利用研究中心
东南大学纤维与纤维混凝土应用技术研究所
东南大学铸造技术中心
东南大学功能材料研究所
东南大学先进土木工程超材料研究中心
东南大学下一代半导体材料研究所
东南大学先进材料协同创新中心
电气工程学院（8）
电气信息技术研究所
东南大学国家电力公司需求侧管理指导中心东大DSM研究所
东南大学通讯设备研究所
东南大学电机工程研究所
东南大学清洁能源车辆研究所
东南大学智能配电网研究所
东南大学智能电网研究所
东南大学超导应用技术研究中心
化学化工学院（4）
东南大学精细化工研究所
东南大学制药工程研究所
东南大学有序物质科学研究中心
东南大学药物研究中心
交通学院（12）
东南大学道路与铁道工程研究所
东南大学交通工程研究所
东南大学交通信息与控制研究所
东南大学港口、航道与海岸工程研究所
东南大学桥梁与隧道工程研究所
东南大学载运工具运用工程研究所（研究物流工程）
东南大学城市地下空间研究中心
东南大学道路交通安全工程研究所
东南大学物联网交通应用研究中心
东南大学景观桥梁研究中心
东南大学岩土工程研究所
东南大学北斗导航与交通感知研究所
仪器科学与工程学院（3）
东南大学智能信息与虚拟测控系统研究所
东南大学IC卡应用技术研究所
东南大学复杂信号检测传输及系统研究所
公共卫生学院（3）
东南大学医疗保险研究所
东南大学社区卫生研究所
东南大学毒理研究所
中大医院（25）
东南大学急诊与危重病医学研究所
东南大学功能神经外科研究所
东南大学耳聋康复研究所
东南大学心血管病研究所
东南大学修复重建外科研究所
东南大学微创外科研究所
东南大学骨髓增生异常综合征（MDS）研究所/更名东南大学血液病研究所
东南大学介入放射学研究所
东南大学肾脏病研究所
东南大学肿瘤研究所
东南大学脑血管病研究所
东南大学儿科医学研究所
东南大学核医学技术研究所
东南大学基因工程疫苗研究所
东南大学神经精神医学研究所
东南大学临床药物生物技术研究所
东南大学糖尿病研究所
东南大学泌尿外科研究所
东南大学消化疾病研究所
东南大学肝胆外科研究所
东南大学创伤骨科研究所
东南大学胰腺研究所
东南大学女性生命健康研究所
东南大学康复医学研究所
东南大学糖脂代谢研究中心
经济管理学院（4）
东南大学科技经济研究所
东南大学集团经济与产业组织研究中心
城市发展战略规划与产业经济研究中心
东南大学产业融合发展研究中心
体育系（1）
东南大学代谢性疾病运动治疗研究中心