国家重点实验室（3）
移动通信国家重点实验室
毫米波国家重点实验室
生物电子学国家重点实验室
国家工程研究中心（1）
大型发电装备安全运行与智能测控国家工程研究中心（原：火电机组振动国家工程研究中心）
国家技术创新中心（1）
国家集成电路设计自动化技术创新中心
国家工程技术研究中心（2）
国家专用集成电路系统工程技术研究中心
国家预应力工程技术研究中心
国家地方联合工程研究中心（3）
玄武岩纤维生产及应用技术国家地方联合工程研究中心
光传感/通信综合网络国家地方联合工程研究中心
智慧建造与运维国家地方联合工程研究中心
国家应用数学中心（1）
江苏国家应用数学中心
前沿科学中心（1）
移动信息通信与安全前沿科学中心
国家产教融合平台（1）
介入医学工程国家医学攻关产教融合创新平台
医药基础研究创新中心（1）
影像介入医药基础研究创新中心
协同创新中心（5）
无线通信技术协同创新中心（教育部）
现代城市交通技术协同创新中心（江苏省）
先进土木工程材料协同创新中心（江苏省）
新型建筑工业化协同创新中心（江苏省）
公民道德与社会风尚协同创新中心（江苏省）
教育部重点实验室（14）
计算机网络和信息集成教育部重点实验室
混凝土及预应力混凝土结构教育部重点实验室
微电子机械系统（MEMS）教育部重点实验室
发育与疾病相关基因教育部重点实验室（部省共建）
儿童发展与学习科学教育部重点实验室
复杂工程系统测量与控制教育部重点实验室
城市与建筑遗产保护教育部重点实验室
环境医学工程教育部重点实验
微惯性仪表教育部重点实验室
水声教育部重点实验室
能源热转换及其过程测控教育部重点实验室
新一代人工智能技术与交叉应用教育部重点实验室
量子材料与信息器件教育部重点实验室
飞行器结构与热防护教育部重点实验室
教育部工程研究中心（7）
智能交通运输系统教育部工程研究中心
新型光源技术及装备教育部工程研究中心
射频集成电路与系统教育部工程研究中心
低碳型建筑环境设备与系统节能教育部工程研究中心
传感器网络技术教育部工程研究中心
爆炸安全防护教育部工程研究中心
区块链应用监管教育部工程研究中心
自然资源部重点实验室（1）
自然资源部土地实地调查监测技术重点实验室
国家文物局重点科研基地（1）
传统木构建筑营造技艺研究国家文物局重点科研基地
交通运输行业重点实验室（1）
交通基础设施安全风险管理交通运输行业重点实验室
网络空间国际治理研究基地（1）
网络空间国际治理研究基地
自然资源部工程技术创新中心（1）
自然资源部空间发展与城市设计技术创新中心
江苏省工程研究中心（18）
江苏省显示技术工程研究中心
江苏省多媒体通信与感知技术工程研究中心
江苏省光通信与光感知芯片技术工程研究中心
江苏省先进电机与电能变换工程研究中心
江苏省射频与光电集成电路工程研究中心
江苏省玄武岩纤维工程研究中心
江苏省光传感与光通信网络技术工程研究中心
江苏省城乡与景观数字技术工程研究中心
江苏省污泥安全处置与资源化工程研究中心
江苏省空天机械装备工程研究中心
江苏省物流枢纽工程研究中心
江苏省泛在网络安全工程研究中心
江苏省智能电动运载装备工程研究中心
江苏省城市基础设施灾害综合防治工程研究中心
江苏省光电功能材料工程研究中心
江苏省富碳材料与器件工程研究中心
江苏省工业化建筑与桥梁工程研究中心
江苏省农业物联网感知及系统控制工程研究中心
江苏省工程技术研究中心（5）
江苏省信息显示工程技术研究中心
江苏省预应力工程技术研究中心
江苏省污染控制及资源化工程技术研究中心
江苏省现代混凝土耐久性评估与提升工程技术研究中心
江苏省道路养护工程技术研究中心
江苏省重点实验室（10）
江苏省网络与信息安全重点实验室
江苏省土木工程材料重点实验室
江苏省生物材料与器件重点实验室
江苏省先进金属材料高技术研究重点实验室
江苏省微纳生物医疗器械设计与制造重点实验室
江苏省生物药物高技术研究重点实验室
江苏省智能电网技术与装备重点实验室
江苏省城市智能交通重点实验室
江苏省网络群体智能重点实验室
江苏省高校重点实验室（10）
江苏省交通规划与管理重点实验室
江苏省计算机网络技术重点实验室
江苏省分子影像与功能影像重点实验室
江苏省远程测控技术重点实验室
江苏省传感网技术重点实验室
江苏省工程力学分析重点实验室
江苏省城市地下工程与环境安全重点实验室
江苏省太阳能技术重点实验室
江苏省分子铁电科学与应用重点实验室
江苏省道路基础设施长效服役与安全重点实验室
江苏省应用数学中心（1）
江苏省信息数学应用中心
江苏省科技公共服务平台（2）
江苏省南京“无线谷”电磁兼容公共技术服务中心
东南大学AMS研究中心
南京市工程技术中心（4）
南京电光源工程技术中心
南京电气设备与自动化工程技术中心
南京射频与光电集成电路工程技术中心
南京市光电子材料与器件工程技术中心