目前，国自然基金经费分为直接经费和间接经费，基金委分开拨付至东南大学。其中直接经费不定期分批下拨，间接经费集中在每年4月份集中下拨。
一、直接经费
国自然直接经费即项目计划书中填报的获批经费，包括设备费、业务费、劳务费。
（一）我校牵头获批的项目直接经费到账后，科研院基础办转入集中户，然后与项目负责人明确子本情况、外拨情况，最后办理校内入账到负责人的65本。
1、子本经费。子经费本的负责人必须是本项目参与人员。如无特殊说明，一律按照等比例下拨给子本。
2、外拨经费。外拨经费如无特殊说明，一律按照等比例外拨给合作研究单位。外拨部分也同步进入负责人的65本中的外拨经费栏，需要项目负责人自行办理转出款。
（二）我校参与的项目，对方单位拨付直接经费到学校财务后，校内负责人自行办理入账手续并提交申请。
二、 间接经费
2026年及之后：
（一）我校牵头获批的项目，国自然间接经费每年4月份下拨后，由科研院基础办转入集中户，然后与项目负责人明确外拨情况，最后交财务处专项科办理项目入账。
1、外拨经费。外拨经费如无特殊说明，一律按照协议规定比例外拨给合作研究单位。外拨部分也同步进入负责人的65本中的外拨经费间接费栏，需要项目负责人自行办理转出款。
2、间接经费校内切块比例如下：
根据《关于进一步加强依托单位国家自然科学基金项目资金管理工作的若干意见》（国科金发财〔2026〕3号）要求，2026年开始，施行新的绩效管理办法：
（1）每个国自然项目都建立独立的绩效本，绩效支出代码为JZ+项目号后8位，如6507047585项目，绩效支出代码为JZ07047585。
（2）一般项目的间接经费是直接费减去设备购置费的30%，12%为学校管理费，18%为个人绩效，100%全部下拨到绩效本。其中A01~A06项目的间接经费是直接费减去设备购置费的60%，12%为学校管理费，48%为个人绩效。
（3）在项目结题时，绩效本的使用进度一并纳入总决算使用进度中体现，请各位老师在项目执行期尽快使用。
（4）结题验收后，项目绩效账号结余资金统一结转至校内的9Z结转账号，统筹用于基础研究的直接支出（直接费用），不得支出间接费用。
（二）我校参与的项目，对方单位拨付间接经费到学校财务后，校内负责人自行办理入账手续并提交申请。
2025年及之前：
（一）我校牵头获批的项目，国自然间接经费每年4月份下拨后，由科研院基础办转入集中户，然后与项目负责人明确外拨情况，最后交财务处专项科办理项目入账。
1、外拨经费。外拨经费如无特殊说明，一律按照协议规定比例外拨给合作研究单位。外拨部分也同步进入负责人的65本中的外拨经费间接费栏，需要项目负责人自行办理转出款。
2、间接经费校内切块比例如下：
（1）一般项目的间接经费是直接费减去设备购置费的30%，12%为学校管理费，18%为个人绩效，其中70%直接下拨到负责人的93绩效本，30%预留等项目结题后统一下拨到负责人的93绩效本。
（2）A01~A06项目的间接经费是直接费减去设备购置费的60%，12%为学校管理费，48%为个人绩效，其中70%直接下拨到负责人的93绩效本，30%预留等项目结题后统一下拨到负责人的93绩效本。
（二）我校参与的项目，对方单位拨付间接经费到学校财务后，校内负责人自行办理入账手续并提交申请。
三、包干制经费
2026年及之后：
包干制项目经费无直接、间接的区分，也不存在子本、外拨等内容。经费下拨至学校后，科研院基础办与项目负责人明确到账情况，最后办理校内入账到负责人的65本。校内相应切块如下：
（一）管理费为项目总经费的7%，其中学校和学院分配比例按学校相关管理办法执行。
（二）绩效支出由项目负责人根据实际科研需要确定，不超过项目总经费的20%。按照新的绩效管理办法，2026年开始，绩效不再预留，100%全部下拨到绩效本。
（1）绩效支出代码为JZ+项目号后8位，如6507047585项目，绩效支出代码为JZ07047585。
（2）在项目结题时，绩效本的使用进度一并纳入总决算使用进度中体现，请各位老师在项目执行期尽快使用。
（3）结题验收后，项目绩效账号结余资金统一结转至校内的9Z结转账号，统筹用于基础研究的直接支出（直接费用），不得支出间接费用。
（三）课题组间接经费为总经费的3%，用于开支项目研究过程中发生的无法在科学研究活动支出的其他相关费用，如与项目相关的零星通用设备、零星办公材料、论文答辩评审等费用。
（四）剩余为项目科研经费，入账到65本，包括：设备费、业务费及劳务费，相关费用实行总额控制，科目之间无额度比例限制，由项目负责人根据实际需要自主决定使用。
2025年及之前：
包干制项目经费无直接、间接的区分，也不存在子本、外拨等内容。经费下拨至学校后，科研院基础办与项目负责人明确到账情况，最后办理校内入账到负责人的65本。校内相应切块如下：
（一）管理费为项目总经费的7%，其中学校和学院分配比例按学校相关管理办法执行。
（二）绩效支出由项目负责人根据实际科研需要确定，不超过项目总经费的20%。其中70%直接下拨到负责人的93绩效本，30%预留等项目结题后统一下拨到负责人的93绩效本。按照新的绩效管理办法，2026年4月开始，绩效不再预留，100%全部下拨到绩效本。
（三）课题组间接经费为总经费的3%，用于开支项目研究过程中发生的无法在科学研究活动支出的其他相关费用，如与项目相关的零星通用设备、零星办公材料、论文答辩评审等费用。
（四）剩余为项目科研经费，入账到65本，包括：设备费、业务费及劳务费，相关费用实行总额控制，科目之间无额度比例限制，由项目负责人根据实际需要自主决定使用。